12月10日になって、慶喜は自らの新たな呼称を「上様」とすると宣言して、征夷大将軍が廃止されても「上様」が江戸幕府の機構を生かしてそのまま全国支配を継続する意向を仄めかした。また、薩長らの強硬な動きに在京の諸藩代表の動揺が広がった。そこへ土佐藩ら公議政体派が巻き返しを図り、12日には肥後藩・筑前藩・阿波藩などの代表が御所からの軍隊引揚を薩長側に要求する動きを見せた。そこで13日には岩倉や西郷は妥協案として辞官納地に慶喜が応じれば、慶喜を議定に任命するとともに「前内大臣」としての待遇を認めるとする提案を行わざるを得なくなった。これによって辞官納地も有名無実化される寸前になり、16日には慶喜がアメリカ・イギリス・フランス・オランダ・イタリア・プロシアの6ヶ国公使と大坂城で会談を行ない、内政不干渉と外交権の幕府の保持を承認させ、更に19日には朝廷に対して王政復古の大号令の撤回を公然と要求するまでになった。
これに対して、12月22日（1868年1月16日）に朝廷は「徳川内府宇内之形勢ヲ察シ政権ヲ奉帰候ニ付キ、朝廷ニ於テ万機御裁決候ニ付テハ、博ク天下之公儀ヲトリ偏党ノ私ナキヲ以テ衆心ト休威ヲ同フシ、徳川祖先ノ制度美事良法ハ其侭被差置、御変更無之之候間、列藩此聖意ヲ体シ、心付候儀ハ不憚忌諱極言高論シテ救縄補正ニ力ヲ尽シ、上勤王ノ実効ヲ顕シ下民人ノ心ヲ失ナハス、皇国ヲシテ一地球中ニ冠超セシムル様淬励可致旨御沙汰候事」という告諭を出した。これは事実上徳川幕藩体制による大政委任の継続を承認したと言えるもので、王政復古の大号令は取り消されなかったものの、慶喜の主張が完全に認められたものに他ならなかった。
だが、この事態に危機感を抱いた薩摩藩の暗躍に幕府側の強硬派が乗せられ、慶応4年1月3日（1868年1月27日）に鳥羽・伏見の戦いに突入することになる。この戦いで薩長側が掲げた錦の御旗に動揺した幕府軍は大敗したばかりでなく「朝敵」としての汚名を受ける事になり、崩壊が時間の問題であった新政府を結果的には救ってしまう事になった。
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このとき、山内は岩倉に「この戦は薩長の起こした不当な戦である!」と抗議したが、岩倉より「わかった。ならば土佐藩は慶喜側につきなさい」と一喝されて、沈黙してしまったという。その後山内は土佐藩の軍勢を板垣退助に委ね、薩長側と同一歩調を取るようになった。
だが、いまだに関東を中心に旧幕府の勢力圏が広がっている中で、朝廷が真の意味で倒幕を実現させるまでにはなお時間を要した。慶応4年4月11日（1868年5月3日）、官軍が江戸総攻撃を中止する代わりに、旧江戸幕府の本拠地・江戸城を無血開城させ、幕府機構解体を大きく前進させた。旧幕臣・福地源一郎は、著書『幕府衰亡論』の中で「江戸開城をもって江戸幕府は滅亡した」としている。